《布莱泽奥特曼大电影大怪兽东京决战》在一个工业园里，大量的科幻怪兽突然出现。弦人队长率领特怪对分队奋勇迎击，但怪兽们却接二连三地涌现出来。工业园发生的怪兽灾害可能与专门处理怪兽残骸的企业内克洛马斯有着某种特殊关系，特怪对分队立刻找到了内克洛马斯的CEO真伏博士。内克洛马斯的研究所正在研究一种名为“达姆多可辛”的东西，这种物质触及到生命的根源，可以实现生物的长生不死，研发即将完成。就在此时，一个自称宇宙霸主的达姆诺星人突然现身。与此同时，“达姆多可辛”的储藏柜也被破坏，这种物质吸收了研究所中的怪兽样本，转变为一个名为“妖骸魔兽贡基尔刚”的恐怖怪兽。现在，以日本首都东京为舞台，布莱泽奥特曼和特怪对分队将与怪兽展开一场壮烈的决战！
